À  l'issue  du  collège,  les  élèves  poursuivent  leur  scolarité  au lycée.  La scolarité  se  déroule  sur trois  années: la  seconde,  la  première  et  la terminale,  et  les  élèves  passent  le  diplôme  du  Baccalauréat selon  le parcours  choisi:  Baccalauréat Sénégalais et, à partir de la rentrée 2020, le Baccalauréat International (IB).

En effet, le Cours Sainte Marie de Hann est  un établissement  scolaire  candidat  au Programme  du diplôme du Baccalauréat International (IB) et souhaite ainsi devenir une "école du monde de l’IB".

La classe de seconde est la première année du lycée. C'est à la fois une classe d’acquisition et de consolidation. Au programme sénégalais les élèves peuvent suivre les enseignements en Série Littéraire (L), Scientifique(S) et, depuis la rentrée 2019, en série technologique (STEG) et Seconde Générale Bilingue.

En classe  de  Première du Programme sénégalais, l’élève, au regard de ses compétences et de son projet d’orientation peut affiner son choix:

• L’élève de la série technologique poursuit son cursus en Première STEG.

• L’élève du Programme du diplôme du Baccalauréat International (IB) entame sa première année de préparation du diplôme.

• En section Littéraire, il peut choisir la série L’1 ou L2.

• En section scientifique, il peut choisir la série S1 ou S2. Il  peut  aussi,  si son  niveau  le  lui  permet,  candidater  pour  le programme du diplôme international (IB)

En classe de Terminale du Programme sénégalais, l’élève, au regard de ses compétences et de son projet d’orientation, peut affiner son choix :

• L’élève du Programme du diplôme du Baccalauréat International (IB) entame sa terminale et dernière année en vue de l’obtention du diplôme.

• L’élève de la série technologique poursuit son cursus en Terminale STEG.

• En section scientifique, il passera le bac de la série S1 ou S2, en fonction du choix fait en classe de Première ou d’une réorientation conseillée par l’équipe pédagogique.